La perturbation les plus notables des écosystèmes naturels réside dans la mise en culture d’importantes superficies forestières, notamment sur les versants de la Dorsale et du Tell, ainsi que dans la mise en place de vastes plantations arboricoles et oléicoles en zones steppiques (Centre et Sud du pays). En effet, à l’intérieur de ces régions, les écosystèmes montagneux font l’objet d’une grande sollicitation par les populations rurales, tant pour la mise en culture des terres (clairières forestières, parcours, forêts) que pour le pâturage et les prélèvements de la végétation naturelle pour différents usages domestiques.
D’une manière globale, la situation actuelle des différents écosystèmes peut être résumée comme suit, quant à leur degré de perturbation, ainsi que leur état de conservation :
- Les écosystèmes côtiers :
Les établissements urbains, industriels et touristiques, les infrastructures économiques et sociales ont perturbé les écosystèmes côtiers et marins en réduisant leur espace, en engendrant des pollutions diverses et en surexploitant les ressources naturelles végétales et halieutiques disponibles. Ceci est dû à la forte concentration des investissements dans les infrastructures sur une étroite bande côtière, induite par les politiques d’aménagement du territoire des dernières décennies. En effet, près de 67 % de la population du pays sont concentrés sur la bande côtière orientale. Les activités touristiques sont principalement concentrées sur la côte (93 % des capacités d’accueil) et notamment sur la côte Est. Le littoral abrite une superficie de 1.257 ha de zones industrielles (89,1 % du total national), compte non tenu des aires portuaires (36 ports).
- Les écosystèmes des zones humides :
Ils sont nombreux, diversifiés, et répartis sur l’ensemble du territoire (Chotts, lagunes, sebkhats, lacs, oueds, et retenues de barrages). Leur état de conservation est en général moyen dans la mesure où ils ne font pas l’objet d’une exploitation menaçante en dehors de quelques exceptions, et leur nombre tend à augmenter avec la construction de barrages à travers tout le pays.
Néanmoins, les écosystèmes des zones humides subissent une perturbation résultant des activités anthropiques conduites d’une manière peu adéquate telles que la chasse, la pêche, le pâturage aux alentours des plans d’eau, le braconnage des oiseaux, etc... En outre, certains aménagements hydro-agricoles, notamment la construction de barrages en amont de zones humides, comme c’est le cas du Lac Ichkeul, présentent de vraies menaces pour les écosystèmes considérés. Mais, dans l’ensemble, les écosystèmes humides demeurent moins soumis aux pressions anthropiques que le reste des écosystèmes naturels.
- Les écosystèmes montagneux :
Ils portent les marques indélébiles d’une surexploitation alarmante, marquée par le défrichement de la végétation et le surpâturage qui aggravent l’érosion hydrique. Ces pressions perdurent dans les zones montagneuses. Seuls les sommets des reliefs ont été épargnés ainsi que leurs écosystèmes en raison de leur inaccessibilité.
D’après les résultats d’une enquête menée par la GDF en 1987 sur les populations limitrophes du domaine forestier et qui a concerné 11 arrondissements forestiers, la population forestière totale était estimée à 900.000 habitants (12,5 % de la population totale). Cette population tire ses revenus de l’exploitation directe des massifs forestiers (pacage, prélèvement de bois et de menus produits, etc...) en plus de l’emploi offert dans le cadre des travaux effectués par les services forestiers (Etude des populations Limitrophes à la Forêt ; DGF, 1987). En effet cette population détenait un cheptel de 1.250.000 unités de petit bétail représentant 21,9 % du troupeau national. En outre selon une étude réalisée dans le cadre du Projet "Energies Renouvelables" dans le gouvernorat du Kef (1990), le prélèvement et la consommation de bois de feu dans les milieux ruraux dépassent de loin les capacités actuelles des forêts.
- Les écosystèmes steppiques:
Ceux-ci ont été profondément perturbés, voire déstructurés, par le défrichement d’importantes superficies pour la mise en place de vastes plantations d’oliviers et d’une céréaliculture aléatoire itinérante, notamment dans le Centre et le Sud du pays, où la disparition du couvert végétal est alarmante. L'extension de l’arboriculture fruitière a également contribué à la réduction des pâturages et à l’accentuation des phénomènes de surpâturage qui se traduisent entre autre par une diminution de la valeur des parcours dans la mesure où la présence d’espèces appétées est passée de 20 à 50 % selon les espèces et les zones de parcours (Etudes des bilans diagnostic des systèmes agraires, MEAT, Projet TUN/UTF/021/TUN « Gestion des Ressources naturelles » ; 1995).
D’autre part, l’accroissement des effectifs du cheptel en général, n'a pas été accompagné d’une extension équivalente des cultures fourragères nécessaires qui, en 1993, représentant à peine 14 % des besoins du cheptel extensif, ce qui accentue le surpâturage.
En effet, le taux de surpâturage dans les parcours forestiers a eu une évolution qui ne cesse d’inquiéter. En 1955 (année 0), El Hamrouni l’a estimé à 28,5 %, il passe à 30 % en 1962, puis à 35 % en 1966 (selon Le Houerou 1966). En 1978, il atteint 42 % (El Hamrouni 1978). L’enquête de 1987 le situe à 65 %.
Cette situation se trouve d’autant plus aggravée par les aléas climatiques. Le retour d'années climatiques favorables en pluviosité ne permet pas toujours la remontée biologique du milieu naturel (irréversibilité des processus de dégradation). Les plantes pérennes, à enracinement profond et capables de se développer à l'occasion de faible précipitation, ont disparu.
Ainsi, la présence permanente d’un cheptel pléthorique sur les parcours va au delà de leur dégradation. Elle constitue un sérieux handicap à toute politique d'amélioration pastorale, de création de réserves fourragères ou de reboisement. Elle peut freiner, voire tenir en échec, les politiques de CES. La principale cause de l'évolution négative du ancien système sylvo-pastoral est donc dû principalement à l'absence de règles efficaces de gestion pastorale et forestière (Fabre, 1995) tout aussi bien dans le Nord que le Centre.
- Les écosystèmes sahariens :
Ils échappent, notamment le Grand Erg Oriental, à la surexploitation depuis que les populations nomades se sont sédentarisées avec leurs troupeaux. Cette région est de moins en moins fréquentée par les troupeaux, à l’exception des troupeaux camelins.
- Les écosystèmes oasiens :
Ils se trouvent dans un état plus ou moins critique en raison des problèmes fonciers et agraires qui s’opposent à une gestion rationnelle des ressources en eau disponibles, des problèmes de salinisation secondaire résultant du drainage insuffisant, ainsi que des problèmes surpâturage autour des oasis qui aggravent les risques d’ensablement.
